奈何建文帝太过仁慈，不忍心对堂弟朱高煦下手，没有听从徐辉祖的建议。皇帝下令削藩后，燕王朱棣看着其他藩王的兵权，接二连三地被收回，感觉很快就会轮到自己头上，在谋士姚广孝的辅佐下，决定赌一把，与侄子争夺天下，这就是历史上著名的"靖难之役"。
既然已经做出这种选择，开弓就没有回头箭，成王败寇是亘古不变的道理。果然不出徐辉祖所料，朱高煦打起仗来非常勇猛，尤其在父亲许诺以后让他接班后，更像是打了鸡血般的强悍，朝廷军队损失惨重，此时的建文帝幡然醒悟，多次感叹道："吾悔不用辉祖之言。"
世人没有后悔药，随着战事的持续，原本占据压倒性优势的建文帝，由于错用了草包将军李景隆，当初的优势荡然无存，别说组织大规模的进攻了，就连防守都出现了问题。正当徐辉祖在前线与敌军交战时，建文帝一道圣旨把他召回，目的相当明确，就是让他保卫京师。
兵败如山倒，朱棣抓住时机，绕过朝廷大军的防线，亲率精兵向南京城进攻，直到城池被攻破，徐辉祖依旧带兵抵抗，但已经起不到任何作用了。除了方孝孺、齐泰等人宁死不降，多数大臣都来迎接燕王，而徐辉祖却对姐夫朱棣的做法嗤之以鼻，更不愿意见他，一个人在家中默默流泪。
朱棣也是个暴脾气，立马派人把他抓来，并亲自对他进行审讯。然而，不管朱棣说什么，徐辉祖都一言不发，朱棣彻底恼火了，下令将他斩首示众。徐辉祖没有任何畏惧，慢慢地从怀里掏出一样东西，即太祖赏赐的免死铁券，朱棣看后大惊道："来人啊，赶快给徐辉祖松绑。"其实，不是免死铁券有多牛，他要是想杀掉徐辉祖，谁也拦不住，只是这东西是父亲朱元璋赐的，他不能也不敢不认，否则就是师出无名，无法向文武百官及天下人交代。
