公元前91年，当时李禹已经40岁了，这一年爆发了巫蛊之祸。太子刘据和皇后卫子夫都被逼死，他们全家也都遭到了诛杀。
李禹是刘据的小舅子，又是刘据非常欣赏的人，自然也不能幸免于难。江充等人便陷害李禹，认为他想要出逃投奔匈奴的李陵，因此汉武帝将李禹也给杀了。
曩者，江充先治甘泉宫人，转至未央椒房，以及敬声之畴、李禹之属谋人匈奴，有司无所发，令丞相亲掘兰台蛊验，所明知也。至今余巫颇脱不止，阴贼侵身，远近为蛊，朕愧之甚，何寿之有。---《汉书》
不过李禹的儿孙没有受到牵连，所以说李禹这一脉在中原地区，还是传承下去了。按照家谱来算，他们家的后代就是唐高祖李渊，大唐王朝的建立者。
