清廷在全国范围内分兵驻防，逐渐形成了长城防线、黄河防线、长江防线。从康熙朝平定三藩后至雍正朝，直省驻防建制确立，在此基础上逐渐形成全国范围的八旗军事驻防体系，主要分为三部分："第一个是对内地各省汉族人民，尤其是南方抗清势力的镇压体系，这是康熙经营的重点，也在康熙朝基本完善。第二个是为对付蒙古特别是蒙古准噶尔部而于长城沿线设立的控制体系，康熙中叶以后逐渐成为重心。第三个是对自己的故乡东北开始注意，着手建立边疆驻防体系，这一体系的最后完成是到乾隆朝。"
在定宜庄先生的《清代八旗驻防研究》一书中我们可以清晰地看到清代全国八旗驻防中，蒙古驻防不仅是全国军事驻防的一部分，而且是形成北疆防线的重头所在。
二、蒙古地区军事驻防注重维护蒙古民族感情
（1）蒙古八旗驻防的设置时机。蒙古地区所设八旗驻防分为漠北蒙古和漠南蒙古。漠北蒙古地区八旗驻防主要包括定边左副将军、科布多办事大臣、库伦办事大臣、乌里雅苏台参赞大臣 等；漠南八旗驻防主要包括绥远城将军 、归化城都统、察哈尔都统等，这几个八旗驻防大臣的设置大多是清廷利用当时的军事形势，以各种名目设置。例如，漠北定边左副将军的设置是利用征伐准噶尔的时机，以军事行动需要为名设置的，后来这一职位一直未撤，转称为"驻防"。再如库伦办事大臣的设置是借"阿睦尔撒纳事件"和"撤驿之变"之机设置的。科布多参赞大臣是借平定准噶尔的机会设置的。漠南绥远城将军是借准噶尔犯北之机，在预防准噶尔的军事行动中设置的。与内地八旗驻防设置相比，这些驻防职位的设置更加缓和，更加注重蒙古盟旗部族的反应。
