第三任皇帝叫朱聿鐭，是上一任南明皇帝朱聿键的弟弟，在隆武帝朱聿键死后，他在隆武二年（1646年）十一月初五被大学士苏观生及广东布政使顾元镜等在广州拥立为帝，年号绍武。
绍武帝朱聿鐭在位时间更短，就是在称帝的同年腊月十五，清兵攻占了广州，朱聿鐭自缢而死，年仅42岁。
南明的末代皇帝叫朱由榔，他是明神宗朱翊钧的孙子，桂端王朱常瀛的儿子，袭封桂王。隆武二年（1646年）隆武帝朱聿键在福建汀州被害后，朱由榔在第三任皇帝叫朱聿鐭称帝十天之后也在肇庆称帝，改年号为永历，这样一来，南明就有了两个皇帝。所谓一山容不得二虎，两个皇帝又开始打仗，结果让清兵占领了广州，永历帝朱由榔逃到了广西梧州，而后又逃至桂州、柳州，然后又昆明，最后逃之缅甸境内，被缅甸王莽达收留。
朱由榔在位期间，他在西南一隅组织了几次像样的反击，所以他在位的时间相当较长，永历十五年（1661年），清军攻入云南，吴三桂又进攻缅甸，缅王把逃难于缅的朱由榔献给了吴三桂。永历十六年（1662年）6月，永历帝在昆明被绞死，终年40岁，他的在位时间长达16年。
南明末代皇帝朱由榔被害后，明王朝正式结束，但作为明王朝的年号"永历"在某些地方还存续了很长一段时间，到康熙二十二年（1683年）才停止。
