由于朱由崧这人毛病太多，他在崇祯十七年、顺治元年（1644年）五月十五日即位后，由于南明内讧和清军南下，到第二年的五月二十五日就被清将多铎捕获，在位时间仅一年零一点。隆武二年（1646年）四月九日，被多尔衮下令处死于菜市口，年仅40岁。
第二任皇帝叫朱聿键。他是明太祖朱元璋九世孙，唐定王朱桱八世孙，唐端王朱硕熿之孙，唐裕王朱器墭之子，世袭唐王。
在上一任弘光皇帝朱由崧被清兵捉到北京后，南明没有了天子，在清顺治二年、南明弘光元年（1945年），在郑芝龙、黄道周等人的拥立下，在福州登基称帝，改元为隆武，后世称他为隆武帝。隆武二年（1646年），清军入福建，隆武帝在汀州被掳，绝食而亡，享年44岁。在位时间也只有一年多一点时间。
