不过王导却无别的心思，能与司马氏平起平坐，已经非常好了，甚至不存在有皇帝的烦忧，对琅琊王氏家族的发展也好，但王敦却不是这么想的，322年，王敦反了，王导明面上对王敦百般规劝，甚至亲自镇压，但他肯定是以王氏家族的利益为重，暗地里其实是帮过王敦的。
司马睿反抗不过王敦，便说："你如果想当皇帝，早跟我说啊，我把皇位让给你，还当我的琅琊王去。何苦让百姓跟着受苦呢？"不过王导并没有称帝，而是自封丞相，不久后，名存实亡的皇帝司马睿就忧愤病逝了，太子司马绍还是顺利继位了。
但司马绍继位不久后，王敦第二次造反了，镇压他的还是王导，彼时王敦已经年迈患病，324年于军中病逝，王导则成为了镇压反贼的功臣，得以重用，琅琊王氏也因此接连两次都没有受到王敦造反的波及。
