于是，当一切准备就绪，时机已然成熟。建文元年七月，朱棣以大病初愈为借口，在府邸宴请北平诸官，席间将所有人斩杀，迅速起兵占领北平全境。并攻下北平周围所有地区。史称:"燕王扫北"。
至此，朱棣稳定后方完成了所有了准备工作。正式决议起兵靖难，借口奉朱元璋留下的成命，旗号诛杀奸臣黄子澄、齐泰"清君侧"，恢复洪武年号，封官拜将,直扑南京。
造反的文书到达南京，朝廷哗然。朱允炆没有想到事发如此突然，不过也在意料之中。朱允炆当即前往宗庙告祭，并宣布削去朱棣宗籍，废为庶人。为镇压起事，朱允炆专设平燕布政司，正式起兵讨燕。
明初，朱元璋对武将功臣的血洗，使得一时建文朝无人可用。只得派出年近古稀的太祖旧将耿炳文率军同燕作战。尽管如此，战争初始的南军比起朱棣的北军无论在数量上还是地理位置上均占尽优势，南军可谓占尽天时地利。
双方投入兵力，南军拥百万之众，而北军只有三十万。朱棣虽勇猛，但在战争开始并未讨得多大便宜，攻占地区均因兵力有限，随得随失。两年仅占得永平，保定，北平三府，并无多大起色。
