而朱允炆所统帅的南军，虽在开始步步顺利。但朱允炆缺乏像他爷爷样的铁腕，他告诫诸将:"勿使朕背负杀叔父之名也"，于是南军处处掣肘。曾几次将朱棣围困，但不敢果断上前，结果几次被朱棣逃走。斩草不除根，必得后患无穷。
建文三年，这场靖难已经两年多了，朱棣的北军仍距南京有千里之遥，朱棣一度灰心。当初他的靖难也是迫不得已，他若不动死的只能是他，他只得放手一搏。
就在朱棣前途渺茫的时候，一个人的出现给他带来了希望。南京城被废黜的一个太监前来密告朱棣，南京空虚，可直取南京。
建文三年十二月，朱棣急军南下，直奔南京，沿途一路势如破竹，僵局被打破。朱允炆大惊，忙派人议和，愿割地以分南北朝，被他拒绝。在用人方面朱允炆也落败，在燕军来势凶猛之际，他临阵换将，使得士气大解。燕军乘势猛攻，建文四年六月，南京沦陷。
