崇祯的眼里，自己寄予厚望的袁崇焕一直在忽悠自己，在袁崇焕处死毛文龙时曾发誓说："我若不能恢复辽东，愿齿尚方（剑）以谢尔。"并给崇祯的奏疏中信誓旦旦地说："臣五年不能平奴，求皇上亦以诛文龙者诛臣。"《烈皇小史》孰料五年非但未能打退后金兵，竟被打入城下。多年后，学者张岱对袁崇焕所作所为提出了强烈批评："袁崇焕短小精悍，形如小猱，而性格暴躁，攘臂谈天下事，多大言不惭，而终日梦梦，堕幕士云雾中。五年灭寇，寇不能灭，而自灭矣。"
袁崇焕为什么非要杀毛文龙？二人到底结下什么冤仇？其实只是一山不容二虎。
崇祯二年的六月，刚刚被崇祯任命的督师袁崇焕以阅兵为名，乘船来到毛文龙所辖区域，邀请毛文龙观看操练。在见到毛文龙后，袁崇焕以突然袭击方式逮捕了毛文龙，并历数毛文龙所谓"十二大"罪状。什么"夜郎自居，专制一方"、"冒功欺君，无汗马之劳。"等等，于是在未向朝廷汇报情况下，袁崇焕就将毛文龙擅自斩杀。毛文龙早年家贫，为人志气宏远，30岁之前他还是个没有工作的闲散人员，那年听说关防紧急他就"密走关宁，查山川形势，打算寻找机会，然无卒如何。"（《袁崇焕资料集录》）
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