深知袁崇焕在崇祯面前的"浪对"的兵科给事中许誉卿，对崇祯上疏暗示说："近来用人过滥，封疆大臣已不知法律，请皇上重申法律，明示边臣，今后如敌军入境不能截堵，攻城不能入保，应按律逮捕。"崇祯帝看后表示同意这种约束大臣的严肃性，后期袁崇焕的作为惊人地如同许誉卿的预料那样发展，但崇祯此时并没能知道"袁崇焕逗着玩"的言论。
此后的"乙巳之变"后，袁崇焕赶到河西务，与手下商量前往北京进行弹压。副总兵周文郁反对说："大兵宜迎击敌军，不宜入都。"接着说出了许多切合实际的理由，由于布置失措，结果本来应该挡住后金人马于蕲州到通州一线，展开决战，却最终弄成了"纵敌深入"，把战火引导了北京城下，急着带着喇嘛朝着要进城躲避。当时还有民谣讽刺说"投了袁崇焕，东人跑一半"（《国榷》）。
面对局势越来越不利，袁崇焕开始对曾经"嬉皮笑脸闹着玩的言论"的"五年复辽"许诺感到害怕。不仅没平掉辽东，相反让皇太极的部队追到京城。在接到崇祯召见的命令后，袁崇焕穿着青衣戴着小帽进宫。见到朝臣，他极力形容敌军势不可挡，希望由朝臣提出城下之盟，促使后金撤退。甚至说："东人此来要做皇帝，已卜某日登极矣！"吓得户部尚书舌头伸出久久不能缩回（《烈皇小识》）。
崇祯深信其已投靠皇太极，故意做出慰劳样子，还将自己的貂裘大衣脱下来给袁崇焕披上，并简单寒暄几句，当袁崇焕提出将部队引进德胜门休整时，崇祯迅速予以明确拒绝（《国榷》）。随即崇祯对京城进行布放，防止意外发生，在全部做好准备后，再次宣召袁崇焕。见到袁崇焕，崇祯突然变脸："着锦衣拿掷殿下！"锦衣卫蜂拥而上，将袁崇焕朝服脱去，押解到西长安门外的锦衣卫大堂，着手进行审讯（《明季北略》）。
袁崇焕的心腹爱将祖大寿目睹督帅被抓，大为惊愕，吓得浑身发抖。一旁的大学士成基命看到祖大寿的状况，立即磕头请崇祯慎重，并说："敌在城下，非他时可比，帝不听"。有的辅臣劝谏，对崇祯晓之以理："临敌换将，兵家所忌"，崇祯已经被气得崩溃，下了狠心说"势已至此，不得不然"（《烈皇小识》）。
