慈禧越来越宠信李莲英，李莲英也越来越嚣张。光绪二十年，慈禧六十大寿，光绪率文武官员先期学习庆贺仪式。文武百官齐集仁寿宫，等候督总管李莲英驾到开始演习，可左等右等直到午后，李大总管才姗姗而来，王公大臣足足等了三个时辰，一个个饥肠辘辘，李莲英却面无愧色。光绪一怒之下，传旨把李莲英廷杖四十。事后李莲英记恨在心，添油加醋诉之太后，才促成日后珍妃沉井等种种冤事。
后来八国联军打进北京，君臣仓皇出逃。保定的地方官员仓促接驾，除了给太后准备了寝所，还给李总管收拾了一个下处，却未给光绪收拾卧具。夜寒甚重，光绪蜷卧在一个冰凉的土坑上，久久不能入睡。恰巧李莲英起身小解，见到光绪这种狼狈情形，忽然觉得太后春秋已高，万一有个三长两短，光绪亲政大权在握，还能饶得了他吗？于是他立刻进屋跪在光绪面前说："让皇上这样吃苦，都是奴才疏忽，伺候不周。只是现已夜深，无法筹办了，请皇上迁就委屈，暂用奴才的铺盖吧！"结果他把床铺让给光绪，自己在墙角蹲到天亮。后来慈禧驾崩，隆裕垂帘，李莲英能够平安出宫，与这次不无关系。
办完慈禧丧事，李莲英靠山已倒，急风转舵告退离宫。他在北平东皇城接近帝阙置了一所宅院，并且过继两个侄儿作为嗣子，东华门著名的饭馆东兴楼，他占了三分之二的股份。宣统皇帝大婚，为了缩减开支，裁撤御膳房，改由东兴楼包饭，李莲英感念故主旧恩，所包伙食仅算成本。
民国十五年春天，李莲英忽然得了急病，终因送医太迟而死，葬在德胜门外自置墓地里。他这一死，两个败家的嗣子狂嫖滥赌，将他一生聚敛而来的财产变卖得一干二净，最后在抗战期间贫病交迫，倒毙街头。
