随后，石达开率军东进，通过声东击西的战术，打破江南大营，把向荣逼得连夜逃窜，最后走投无路，自杀身亡，这让清廷觉得"大局不堪设想"。历史的悲剧在于，就在石达开军事上节节胜利的时候，太平天国的大本营天京搞起了内讧，当时韦昌辉杀了杨秀清，两万多将士和家属遭到屠杀。石达开得知消息后，指责韦昌辉杀人过多，这让韦昌辉也动了杀石达开的心思，石达开得到风声，连夜逃走，而石达开留在天京的家眷，则全部遇难。
韦昌辉的滥杀，遭到了太平天国内部的大量反对，最终，他自己也被杀。这以后，石达开又成了众望所归稳定人心的关键人物。但是对洪秀全而言，有了杨秀清、韦昌辉的先例，他担心自己又被架空，石达开成为第三个杨秀清，因此一直对石达开存有戒心。李秀成说得明白，"冀王回京，合朝同举冀王提理政务，众人欢悦。"但这导致的结局是"主有不悦之心，专用安、福两王……主用二人，朝中之人甚不悦。"
这导致的结局是，石达开被迫出走。石达开自己说，"外侮未平，萧墙祸起，此党彼群，群仇未已，他因此而不愿入是非之门，为了避免被吞并，只能出走。"
石达开出走时，带走了近二十万将士，他的出走，严重削弱了太平天国的兵力，此后太平天国也很难像过去那样得心应手的牵制清军兵力。从此以后，太平天国一路下坡，终止灭亡。按照李秀成的理解，是洪秀全逼走了石达开。
历史学家范文澜说，洪秀全违反民意，逼走石达开，实际上石达开是唯一能够收拾人心、重整危机的任务，如果洪秀全亲理朝政，石达开加以辅佐，那么，太平天国的局面可能比杨秀清专政时期要好转。洪秀全的这一荒谬的做法，损失是不可补偿的。
