久而久之，袁崇焕当然会对毛文龙这个居功自傲的部下产生一点不好想法，于是一狠心就灭了毛文龙。袁崇焕杀毛文龙一个人很容易，但是造成的后果却不可估量。因为毛文龙所占据的皮岛具有极其重要的战略地位，后金八旗子弟虽然作战勇猛，但是不敢轻易去进攻锦州和宁远等城池。因为毛文龙能够有效牵制后金的老巢，只要后金大军去攻打，那么后方基地就会被毛文龙占领。而且毛文龙还是个很有智谋的将领，懂得收买人心重要性，他能令后金占领的地方，经常性发生百姓起义，搞得后金政权不稳。
可以说，一个毛文龙就能极大牵制后金大军，使他们不敢轻易实施对明朝的侵略。但是，袁崇焕却因为一己之私就杀了这么个对明朝大有用处的干将，结果导致皮岛陷入失控，无法起到牵制后金大后方的战略意图，而且毛文龙部下尚可喜等人甚至叛逃投降后金，反而增强了后金的实力。没有了毛文龙的牵制，皇太极就能肆无忌惮率军绕开袁崇焕的防线，从蒙古直接杀到北京城，对帝都产生直接威胁。最后，皇太极使了个反间计，魏忠贤余党又以擅杀毛文龙、与后金议和、市米资敌等罪弹劾袁崇焕。崇祯皇帝最后凌迟处死了袁崇焕，这样以来明朝的灭亡速度又向前推进了一大步。
