于谦等人之所以要坚请朱祁钰登位，是担心孙太后和朱祁钰联合摄政，文臣操控朝政的权力旁落；而朱祁镇在瓦剌人之手，会有回归的可能，则文臣也难于对瓦剌展开针锋相对的斗争。而一旦拥立生性懦弱的朱祁钰登帝位，一来断绝了孙太后分权干政之路；二来可以拉朱祁钰上自己的"贼船"，除了同舟共济，别无退路；三来断绝朱祁镇回归执政之路。
为此，于谦不惜以最恶毒的话来诋毁朱祁镇。说："（英宗）失国得罪祖宗，恐不足以示天下后世。"曹吉祥曾反驳说："然则故太子如何？"于谦又不容置辩地说："罪人之子也，已废不复。"
所以，不管于谦在北京保卫战中起过多大的作用，朱祁镇的内心深处都是无法原谅他的。
给于谦冤案昭雪平反的是朱祁镇的儿子朱见深，即明宪宗。
明宪宗在赐给于谦的祭文中说："当国家多难的时候，保卫社稷使没有危险，独自坚持公道，被权臣奸臣共同嫉妒。先帝在时已经知道他的冤，而朕实在怜惜他的忠诚。"赠给于谦特进光禄大夫、柱国、太傅，谥号肃愍，赐在墓建祠堂，题为"旌功"，由地方有关部门年节拜祭。
