于是，他吸纳了太子李建成的团队成员，委以重任。忍受魏征常年的喋喋不休，对一个皇帝来说，忍受臣子对自己说三道四，这是一件非常痛苦的事情，但李世民为了自己的民声，他忍了。最终他以从谏如流，明辨忠奸与魏征成为了一段佳话，留名青史。
那在处理君臣关系方面，李世民就更加注重方式方法了，秦琼作为一个为唐朝屡立战功之人，即便是在某些地方做的不是那么让他满意，但他已经急流勇退，甘居幕后，他又怎么忍心痛下杀手。毕竟，他要考虑这么做造成的影响。
李世民一生中都在与这些良臣猛将打交道，对于秦琼的脾气性格他自然了然于胸，秦琼的心意他自然都懂。他一生中接收了大量来自地方阵营投靠的猛将，尉迟恭、程咬金等人皆属于此类，仅仅也只是杀了一个单雄信而已，因为他感受的到，单雄信与他们不一样。
综上所述，李世民将秦琼放在功臣榜的最后一名，或许是他功劳在此而已，毕竟，在李世民登基之后，他便开启了养病模式，而尉迟恭等人依旧在立新功，这个排名在一定程度上也不能说明李世民不待见他，或许这才是对秦琼比较公正的评价与定位吧。
