在乱世之中，能够应对纷繁复杂的局势，做出细致缜密的判断之人少之又少，秦琼绝对算的上是一个。尤其是他放弃王世充给他的高官厚禄转而投到大唐的怀抱，是极具战略眼光的一次"跳槽"。玄武门之变，秦琼并没有被安排到参与玄武门内部的厮杀，而是让他去拦截外围的支援，革命工作不分高低贵贱，这也不能说明李世民对他有看法。
在李世民登基之后，秦琼便开启了"养老模式"，回家养病，或许秦琼正是由于边界感太强，导致李世民对他有点小看法。可这并不是李世民杀害秦琼的正当理由。
另一点原因便是李世民更加爱惜自己的羽毛。李世民取得皇位的途径并不是很正当，他很清楚，哪怕是再粉饰历史，这件事也并不光彩。他立志想成为一代明君，既然兄弟之间的事情没有处理好，那么当好这个皇帝才是挽救他名声最好的方式。
