李世民为了化解三大后遗症，首先赦免李建成和李元吉余党，并且重用魏征、王珪、韦挺、薛万彻、薛立、谢叔方、李安俨等东宫余部。在李世民和解政策的鼓舞之下，东宫余部逐步解除了戒备之心。
武德九年八月初九，李渊禅位于太子李世民。李世民登基称帝，李渊退位为太上皇。李世民称帝之后，发出的命令就是诏。二日争辉，教诏之辩的问题自然就迎刃而解。
李世民提拔尉迟敬德、秦叔宝、程咬金等人为十二卫大将军，把忠于李渊的大将军撤换掉，军队的指挥系统，总算是掌握在李世民手里了。
大唐朝内部出现玄武门之变后遗症的时候，突厥和吐谷浑趁机攻打大唐。吐谷浑到大唐边疆劫掠一番，就回去了。突厥却长驱直入，直逼大唐腹地。
