玄武门之变的第一大后遗症，就是李建成和李元吉的余党，担心李世民会杀他们，纷纷在谋划造反。庐江王李瑗谋反案、燕郡王李艺谋反案、义安王李孝常谋反案、长乐王李幼良谋反案，就是玄武门之变后遗症的典型表现。
玄武门之变的第二大后遗症，就是大唐朝人心不稳，文武百官不知道听谁的。李渊册封李世民为太子，并且下诏"军国庶事，并由太子处分"。李世民成为太子之后，马上就废除了李渊的《沙汰佛道诏》等一系列诏令。
太子和皇帝的法令打架了，各级官吏一脸懵逼："皇帝的诏比太子的教大，太子的教废了皇帝的诏，我们是应该奉教，还是应该奉诏呢？"
玄武门之变的第三大后遗症，就是打乱了军队的指挥系统。各路将领不知道应该效忠太子，还是应该效忠陛下。一大批追随李渊起兵的将领，心中不服李世民。他们对于太子的教，采取了观望不执行的态度。
