这次事件产生了极其严重的后果，袁崇焕为自己后来的悲剧埋下了种子。这是一起很严重的政治事件，毛文龙当时是手持尚方宝剑的一方总兵，袁崇焕不加请示就擅自杀害了他，这就暴露出他在政治上的不成熟。另外，毛文龙手下的兵马，都是他的亲信，只有他能够统御，没有了毛文龙，皮岛人心动摇，皮岛的作用也就不复存在，不久，毛文龙部将孔有德、耿仲明、尚可喜便归顺了后金。
崇祯二年十月初四，皇太极在明朝关宁锦防线难以攻克的情况下率军绕道蒙古突入内地。袁崇焕想把后金军阻截在遵化，因此急令赵率教带领四千骑兵驰援遵化，结果在遵化附近遇伏，全军覆灭。十一月初五，袁崇焕督总兵祖大寿、副将何可纲等率领骑兵疾驰入关，保卫北京，二十日，后金军兵临北京城下。皇太极指挥后金军在德胜门、广渠门、左安门等处与明军激战，均未能取胜。皇太极见无法战胜袁崇焕，便使用"反间计"，令人散播袁崇焕与后金有勾结的谣言；朝中勋戚因自己在城外的庄园多有破坏，也归咎于袁崇焕。十二月一日，崇祯帝逮捕袁崇焕，入关勤王的辽东军马立即溃败。皇太极见北京久难攻下，也一路劫掠而去。
后金入侵明朝京畿之战
袁崇焕被捕后，魏忠贤遗党以擅自与后金军议和、擅杀毛文龙两条罪名定袁崇焕死罪，崇祯三年八月，崇祯皇帝将袁崇焕凌迟处死。
