宁远大捷后，袁崇焕升任辽东巡抚。天启七年五月，后金攻击锦州，此时努尔哈赤已死，后金首领是努尔哈赤之子皇太极。皇太极在猛烈攻击锦州的同时，还分兵进攻宁远。在袁崇焕等人的坚守下，进攻宁远的后金军未占到便宜，遂撤回锦州。锦州守将赵率教坚守不出，后金军伤亡惨重，只好退兵。这就是宁锦大捷。
宁锦大捷后，因得罪魏忠贤，袁崇焕辞官归乡。崇祯元年，皇帝在平台召见袁崇焕，任命他为蓟辽督师。袁崇焕提出五年复辽的计划，并要求朝廷给与他财权和人事权，崇祯皇帝一一答应，并赐给他尚方宝剑，让他安心复辽。
然而，此时的袁崇焕已经变得飞扬跋扈起来。他到任后，做的第一件事，便是诛杀毛文龙。毛文龙曾经援助朝鲜，后来在皮岛一带渐渐立足，虽然兵马和地盘并不大，但由于位置特殊，与宁远互为犄角，遂成为牵制后金的重要力量。但毛文龙此人放纵不羁，除登莱巡抚袁可立外，无人能够驾驭他，袁可立去职后，毛文龙益发骄恣，且向朝廷索饷过多，因此袁崇焕不喜欢他。崇祯二年，袁崇焕未经请旨，矫诏诛杀了毛文龙。
宁远与皮岛
