不久，章惇又被弹劾，重回汝州。两年后，他等到离杭州颇近的知苏州任命时，父亲已经去世。他辞去苏州知府之职，在不尽的弹劾中沉默。
等到宋哲宗亲政的绍圣、元符时期，章惇独相，达到个人仕途的最高峰，而苏轼则远谪岭南。
这时的章惇，原本有足够的权力去营救苏轼，修复两人的友情，但他没有这个肚量。元祐年间苏轼兄弟对自己的指摘和见死不救，一定在章惇的心中留下了很深的印痕。
此时的他对苏轼，应该是有怨恨的。
但后来的史书笔记说，章惇是远谪苏轼的幕后黑手，这就言过其实了。包括苏轼在内的元祐党人在宋哲宗亲政后，均遭到连续贬谪，一直贬到山穷水恶的岭南。那是因为在太皇太后高滔滔摄政期间，在朝大臣大多无视宋哲宗这个小皇帝的存在，让他心生怨恨。在自己亲政后，宋哲宗尽反高滔滔之政，实施了发泄式的报复行动。
