从现有史料看，在章惇遭贬黜的过程中，苏轼的弟弟苏辙上了《乞罢章惇知枢密院状》，充当保守派攻击章惇的炮弹；而苏轼没有弹劾或营救章惇的文字留下来，我们无法确知这一时期他本人对待章惇的态度。
章惇最初被罢黜到汝州，身心备受打击，他一再乞求到扬州，方便就近照顾人在杭州的87岁老父，但均遭到拒绝。9个月后，元祐元年（1086年）十一月，章惇终于可以回杭州，苏轼这时给他写了一封信：
"归安丘园，早岁共有此意，公独先获其渐，岂胜企羡。但恐世缘已深，未知果脱否耳？无缘一见，少道宿昔为恨……"
苏轼在信中提起他们早年一起归隐田园的约定，然而，"但恐世缘已深，未知果脱否耳"一语，表明在苏轼看来，章惇追求变法，是汲汲于功名的表现，"世缘已深"，希望章惇能够超脱功名。
由于章惇后来被打成"奸臣"，他的文字被保留下来的极少极少。我们无从知道，对于苏轼的"指控"，章惇本人作何回应。但两人仍有书信往来，至少说明，虽然他们的政见分歧很深，但友情还在，并未完全破裂。
