不仅如此，占据吐鲁番地区的阿力苏尔檀还于1472年冬占据哈密，从明朝忠顺王弩温答失里手中夺得明朝领发的金印，并将其带回吐鲁番。尽管明朝政府在十年之后再次从甘肃一带派军队收复了哈密，但是双方在这一区域的拉锯战一直持续了数十年之久，三代吐鲁番统治者数次洗劫哈密，几乎将这一片曾经繁荣的城市化为瓦砾。
公元1516年，被尊奉为叶尔羌-东察合台公主的吐鲁番满速儿汗成为了新疆地区名义上的共主，这就更给了他向明王朝挑战的底气。在随后的二十余年里，满速儿汗不仅重新占领哈密，更从明朝手中夺取了沙州、瓜州等原本的"关西七卫"，甚至直接纵兵越过嘉峪关进犯甘州、肃州与兰州，基本将明朝势力赶出了嘉峪关以西。
到了嘉靖后期（公元16世纪中叶），由于明朝势力的衰弱，再加上俺答汗等蒙古势力的强大威胁，前期设立的关西七卫全部撤入嘉峪关以内，使这条有名的西北防线彻底丧失作用，明朝进军队自此之后便再也没有踏足过西域，西北的苍茫大地自此成为了明朝人眼中的无关蛮荒之地。
