清朝也是有特务机构存在的，只不过顺治以后，历任皇帝将清廷特务机构的名称多次作出了变更。满清入主中原后，接收了前明锦衣卫人员的顺治，曾效仿明朝锦衣卫机制，建立起属于清廷的特务机构。顺治执政初年清朝的特务机构依然被定名为锦衣卫。随后福临又将锦衣卫更名为仪銮卫。仪銮卫主要负责皇帝的守卫工作，情报收集工作被暂时废止。
公元1654年宦官吴良辅建议福临，重新设立直属于内廷的情报机构。福临同意了吴良辅的建议，建立起服务于皇帝的内廷情报机构：十三衙门。十三衙门是效仿明朝二十四衙门而设，它依然是由内廷宦官所领导。公元1661年，康熙降旨处死吴良辅，同时十三衙门也被康熙降旨撤销。在康熙撤销十三衙门的同时，他将尚膳监独立出来更名为采捕衙门，将宣徽院更名为会稽司，将尚方院更名为慎刑司，将礼仪院更名为掌仪司。
掌仪司顾名思义便是负责康熙出行仪仗，守卫康熙的一个部门。采捕衙门主要负责打探情报、缉拿等工作。而会稽司和慎刑司则主要负责审讯、看押、定刑、秘密处决犯人等工作。由此可知采捕衙门、会稽司和慎刑司便是康熙执政时期的情报机构。三司几乎与十三衙门的权力等同。
