8月25日，天气开始转凉，刘锦棠率领马步三十二个营为前锋，长驱西进。敌军毫无斗志，劫掠秋粮后放弃库尔勒仓皇西逃。刘锦棠又挑选精兵2500人为先锋，穷追不舍。清军势如破竹，一个月疾驰两千里，两次击溃敌军，一举收复库车、阿克苏和乌什，用兵神速的刘锦棠也得了一个"飞将军"的雅号。清军所到之处受到各族百姓热烈欢迎，当时的英国观察家也承认，清政府的恢复到处受到"人们欣喜的欢迎"。
残留阿古柏匪帮内部人心涣散、矛盾四起。清军也不失时机从南北两路向喀什噶尔发起了钳形攻势，阿古柏的残余势力顿时作鸟兽散。12月17日，两路清军同时抵达喀什噶尔，12月21日与24日，叶尔羌与英吉沙尔先后光复，到了次年（1878年）1月2日，和阗也被董福祥部清军克复，帕米尔高原上的塔吉克族牧民也把阿古柏派去的"官员"缚送清军大营。肆虐新疆十二载之久的阿古柏匪帮终于被彻底从中国领土清除了出去
1884年（光绪十年）11月16日，户部奏请添设新疆巡抚、布政使各一人，除刘锦棠任巡抚外，又调甘肃布政使任新疆布政使。次日，新疆省正式建立。
一部清朝晚年的历史，几乎都是吃败仗，割地赔款，丧权辱国的记载，读来令人气沮。唯有左宗棠的经略西北是个例外，确实值得我们兴奋。清军收复新疆之战，粉碎了英、俄勾结阿古柏侵占新疆的企图，维护了中国的领土主权，打击了侵略者的嚣张气焰。清军收复新疆之战的胜利，为清王朝收复伊犁以及在新疆设立行省，打下了基础。
