1876年4月起，经过充分准备的大批清军先后入疆。到7月下旬，连同原驻塔城、哈密的部队，清军已在新疆集结八十余营。坐镇肃州城大本营指挥全局的左宗棠手中尚握有二十个营的预备队。阿古柏的军队实力相当不弱，其总兵力多达五万人，其中骑兵约占三分之一，拥有从英国和奥斯曼获得的优良的武器装备。
1876年8月，清军收复新疆之战终于打响。在左宗棠"先北后南"、"缓进急击"的战略指导下，刘锦棠率军直取乌鲁木齐的北方门户古牧地（今米泉）。8月17日以158人阵亡、450人负伤的代价全歼守敌6000余人。清军的迅速进展令敌军措手不及，在阿古柏从南疆拼凑的5000骑兵尚在增援路上之时，清军已于8月18日光复守备空虚的乌鲁木齐。至11月，阿古柏的势力已被彻底从北疆清除。此时，新疆已经入冬，天山以北已经茫茫一片的冰雪世界。清军转入休整。
达坂城位于乌鲁木齐通往南疆一条穿越天山的隘道中，系清军南下必经之地。阿古柏在此派驻精兵5000余人，并配备了当时最为先进的后装线膛枪。在达坂城侧后方的吐鲁番和托克逊，也分别有8500人、20门火炮与6000人、5门火炮把守，三城互成掎角之势。阿古柏将主力部队集结于此，孤注一掷，妄图凭借天山天险阻止清军的南下攻势。左宗棠也深知此地的重要性，清楚认识到只要占领此三地，则破竹之势可成，也调集了在疆的主力多达五十个营，大约25000人的部队，又配备了强大的炮兵，准备一举歼灭阿古柏军队的主力
1877年4月14日，刘锦棠率领清军三十个营大约15000千余人及炮队离开乌鲁木齐南下，清军乘敌不备，衔枚急进，17日完成对达坂城的包围。城里的阿古柏守军突然被围，惊慌失措，一时间人心惶惶，兵无斗志。19日夜，稍事休整的清军发起了总攻，用三门开花大炮猛轰达坂城。其中有一发命中城中火药库，火药库内的弹药爆炸起火，此时恰逢大风乍起，火势骤涨，阿古柏军血肉横飞，死亡惨重。清军乘势发起总攻，全歼城中守军，生俘包括阿古柏"大统哈"在内的1200余人，而清军不过伤亡100余人。
