形势如此危急，小朝廷内部依旧内斗频频。宰相陈宜中对文天祥事事掣肘，杨守亮则将秀王赵与择排挤到浙江领兵。后元军向秀王发起攻击，秀王兵败，全家慷慨赴死，此大义凛然，连元军将领也为之动容。就这样，浙江也被元军所控制，南宋领土仅存福建和广东局部。
尽管如此，这时福安府尚有宋军十七万、乡勇三十万，如果运筹得当，足可抵挡一番。可惜的是，小朝廷中无人有此胆识。听说元军从陆、海两路逼近，陆秀夫、陈宜中等竟决定放弃福安府逃走。由于逃往广东的陆路已被切断，只能冒险从海上逃走，幸好海上大雾弥漫，这才躲过元舟师搜捕，得以逃离。
此后南宋小朝廷一直设在船上，赵昰成了"海上天子"，直到船队抵达泉州。然而，当时泉州招抚使蒲寿庚已心怀异志，被张世杰察觉后便投降了元朝。赵昰等又逃到潮州。
元军占领泉州后，又攻打兴华军，陈文龙及其母亲先后从容就义。蒙古人的兵锋从福建扫到广东，又从广东扫到广西，直到静江城下，才被邕州知州马塈所阻。双方相持月余，宋军虽然损失惨重，元军也始终无法越雷池一步。元世祖惜才，亲自下诏招降，许以江西大都督之职，但马塈丝毫不为所动，还将来使当着元军统帅阿里海牙的面砍了头。被激怒的阿里海牙攻城更急，静江终至陷落，马塈被斩首。广西提刑邓得见大势已去，也投江殉国。
到景炎二年（1277年）正月，除文天祥还在闽西组织抗元外，整个东南都已尽入敌手。
