后来与多尔衮唇枪舌剑的左懋第，此时奉命督催漕运，他给皇帝的报告中如此写道："臣自静海抵临清，见人民饥死者三，疫死者三，为盗者四。"随后，天津也开始爆发大鼠疫，"上天降灾，瘟疫流行，传染至盛。有一二日亡者，有朝染夕亡者，日每不下数百人，甚有全家全亡不留一人者，排门逐户，无一保全。"
最终，这场"古今方书所无"的鼠疫，便降临到帝都北京城。此时这病被叫做"疙瘩病"，"夏秋大疫，人偶生一赘肉隆起，数刻立死，谓之疙瘩瘟，都人患此者十四五。至春间又有呕血者，或一家数人并死。"
"疙瘩"，其实就是腺鼠疫患者的淋巴结肿大。可怕之处在于：一人感染，全家传染，严重者"阖门皆殁"，亲戚都不敢上门慰问吊唁，因为只要一进病家门口，必会感染，探病回家，死神便也尾随而至。
很快，帝都九座城门"日出万棺"。《崇祯实录》说："京师大疫，死亡日以万计。"到北京城破前一年，北京每天死人上万，以至于城门都被运出的棺材堵塞。沿街的小户居民，十之五六死去，死在门口的最多，街头连玩耍的孩子都没有了。每四到五个北京人中，就死掉一人。
