清军随即占领南京，福王被俘虏，江南一片血雨腥风中。左良玉死后，其子左梦庚率兵投降满清。号称清流的东林党更是纷纷改换门面，而被称为头号奸臣的马士英却宁死不降，他逃出南京，一路南进，全力组织力量，继续抗清。
东林党余部继续把持南明剩余的唐、鲁两王势力，排斥马士英。马士英只好盘桓于浙江一带，期间多次参与反清战役，直到在江浙一带最强大的抗清势力吴日生的部队兵败后，马士英亦遁入空门躲避清廷缉拿，后因叛徒出卖，被清廷抓获，最终不屈就义。
马士英生前也确有贿赂上司与同僚的记录，混迹官场，也确没有独善其身。但大节不亏，战死疆场，他若不死，清军就没那么容易问鼎中原，比之那些自命清高，却转眼降敌的道德婊们要高尚很多了。
