当此关头，于谦主动站出来主持大局，和大臣们一起拥立明英宗的弟弟朱祁钰登基为皇帝，遥尊明英宗为太上皇。随后，于谦升任兵部尚书，全权负责筹划京师防御。明朝廷另立皇帝，瓦剌人以明英宗为要挟狮子大开口的计划落空，于谦组织全城军民防御，又调集周边军队驰援。瓦剌人来攻城，于谦命令神机营将瓦剌骑兵诱入城中，用火器集火打击，百姓们也纷纷上屋顶以砖瓦击敌。瓦剌人见明军严阵以待，一时攻不下来，又听说各地勤王的军队就要到了，只好退兵，并答应送归明英宗。
明英宗被送回来后，明代宗的地位很尴尬，就把明英宗软禁在南宫。于谦因保卫京师有功，明代宗很是感激，对他十分倚重。但是，于谦位高权重，性格很刚强，得罪了很多人。
他看不起那些懦怯无能的大臣、勋臣、皇亲国戚，因此憎恨他的人更多：徐珵因为提出迁都南京，受到于谦斥责，后徐珵改名为徐有贞，经常咬牙切齿地恨于谦；石亨本来因为违犯了军法被削职，是于谦请求明代宗宽恕了他，让他总理十营兵，但因为害怕于谦不敢放肆，也不喜欢于谦；都督张辄因为征苗时不守律令，被于谦弹劾，和内侍曹吉祥等都一向恨于谦。
