他气势汹汹历数袁崇焕几大罪状后，崇祯极端痛恨地说："袁崇焕托付不效，专恃欺隐，以市米则资盗，以谋款则斩帅（擅自斩杀毛文龙），纵敌长驱，顿兵不战，援兵四集尽兴遣散，及兵簿城下，又潜携喇嘛，坚请入城，种种罪恶。"在问"卿等已知之，今法司罪案云何？"对于如此重大事件，大明朝臣不敢言语，只是一味磕，听凭崇祯发落。问群臣说："卿等已知之，今法司罪案云何？"几百名大臣都低头不语后，崇祯正式宣布对袁崇焕的处理决定："依律磔之！"即千刀万剐，其家书十六岁以上处斩，十五岁一下给功臣家为奴。至此，毛文龙之死和袁崇焕被诛杀成了明末最具震荡性案件。
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后人多言袁崇焕为"长城"，此前他在崇祯面前许下五年平辽竟自己当作儿戏，在杀毛文龙时发誓：我若不能恢复辽东，愿齿尚方剑以谢尔；在杀害毛文龙后，他先斩后奏对崇祯继续夸下海口："臣五年不能平奴，求皇上亦以诛文龙者诛臣。"以此可知，历史的真相如同云雾，总有皓月当空，明珠出现之时，或许崇祯诛杀袁崇焕是其做的最为正确的事情。乾隆时期，为袁崇焕平反，其中原因，令人回味。如果没有袁崇焕诛杀毛文龙为满洲除了心腹大患，或许历史将被改写，因此，袁崇焕算是为了满洲立了一大功，乾隆感谢一下，似乎也符合人之常情。
