毛文龙塑像
毛文龙至此开启武将仕途，从标下游击做起，因功一步步升任总兵。天启三年，毛文龙认为辽东要地唯金州南通旅顺口，北至三牛坝，西通广宁，东可收复失地。如果占据此城，陆路可以遏制满洲骑兵，水陆可以前往登州运粮，如此可以互为犄角之势。在毛文龙的战略部署下，很快获得胜利，明廷为此晋升毛文龙为左都督挂将军印，赐尚方宝剑，全权授予他管理皮岛职权。当时朝廷上下都认为毛文龙在海外有牵制努尔哈赤的功劳，兵部保守评价他"毛文龙灭奴不足，牵努则有余。"工科给事中杨所修评价他说："东方自逆奴狂逞以来，惟一毛文龙孤撑海上，日从奴酋肘腋撩动而牵制之；奴未出老巢则不时攻掠，以阻其来。"
辽东形势图
天启皇帝听了汇报后多次称赞毛文龙："多方牵制，使奴狼狈而不敢西顾。"在毛文龙以封疆大吏的身份与满洲谈判，相约和好，以维持边界安定，甚至到了崇祯即位后，也大体采用这种方针。此后朝廷中不断有人开始对毛文龙中伤，认为他拥兵自重，不听朝廷命令。毛文龙多次上疏辩白，对自己势处孤立无援，动辄得咎向崇祯倾诉。"臣势处孤立，动遭掣肘，功未见其尺寸，怨已深于寻丈，而皇上知之否？"崇祯劝慰他说："毛文龙本以义勇简任东江，数年苦心，朕所洞鉴，人言何足置辩！"户部拟大幅度削减毛文龙军饷，崇祯不同意户部意见，在给毛文龙的批复中说，毛文龙辖境，辽民避难，囤聚海岛，荷锄是民，受甲即兵，不能与内地一概而论。以此可见毛文龙陷入舆论漩涡时，崇祯的立场是明确支持毛文龙的。但是以袁崇焕任职后，迅速改变了毛文龙的命运。袁崇焕作为总督上任第一件事不是如何对辽东部署，竟然是同室操戈，向自己人动手。
袁崇焕被杀，源于对崇祯的五年平定辽东空头支票未能兑现，将金兵引至城下，并擅杀毛文龙二罪归一。
袁崇焕对于毛文龙的愤怒无关私仇，而是源于一山不容二虎的权力之争。在袁崇焕离京前，他与内阁辅臣钱龙锡谈到辽东事宜时，并不把收复失地摆在首要位置，而是明确"先从东江做起"，就是先集中精力收拾毛文龙，并大言不惭说："可用则用之，不可用则杀之。"作为钦差督师的下马威，袁崇焕第一招就是封锁毛文龙的经济来源，不许登州一条船出海，凡运往东江的物资必须经过袁崇焕衙门挂号方能出海，这一措施不仅控制了毛文龙粮饷供应，而且切断了他海上贸易的命脉。
