1343年，在托克托二度任相的时候，一项重任交到了他的手上：修史。
自古以来，皆新朝为旧朝修史。元代之前，辽，宋，金三朝并立。为三朝修史，实乃当时文化界之大事。而此次修史，与之前历次官修史书相比，又有两大特点：
其一，修三史的班子不只有汉儒，还有蒙古、色目、党项等其他族群的知识分子。有如此多的少数民族参与修史，这在是非常罕见的。而多种史观的交锋碰撞，也避免了汉儒一家之见，使行文笔法更加全面。
其二，在托克托的主张下，辽、宋、金，三史的修撰，"三国各与正统，各系其年号"。
古来修史，面对分裂的局面，选哪一个为正统总是免不了一番争论。修三史时，面对北宋与辽并立，南宋与金并立的情况，有人主张以北宋为正统，其后金为北史，而宋高宗之后为南宋，有人对此又表示不同意，彼此之间争论不休。直到托克托拍板，方止争论。"三国各与正统，各系其年号"，这是对华夷之辨的一次突破。
