公元1368年正月，朱元璋在应天府称帝，册封马秀英为皇后。朱元璋和马皇后感情深厚，朱元璋经常对群臣称赞皇后贤惠，可与唐朝长孙皇后相比。马皇后得知后，趁机进谏，"闻夫妇相保易，君臣相保难。陛下不忘妾同贫贱，愿无忘群臣同艰难。且妾何敢比长孙皇后也！"
在那个男尊女卑的时代，马皇后得到了史官们的称赞，"及册为皇后，勤于内治，暇则讲求古训，告六宫以宋多贤后，命女史录其家法，朝夕省览。……妃嫔、宫人皆厚待之。命妇入朝，如家人礼。"众所周知，朱元璋性格暴烈，马皇后多次给予劝说，"诚如陛下言。妾与陛下起贫贱，至今日，恒恐骄纵起于奢侈，危亡起于细微。故欲得贤人，共理天下。"
马皇后在世时，朱元璋还能控制住对功臣的杀戮，足见她的影响力。洪武十五年，马皇后生病，自知时日不多，她拒绝服药。朱元璋询问原因，马皇后答复，"我一死，按照你的脾气，一定会把给我看病的太医杀光。我的病已经治不好了，何必因我再多死人呢？"马皇后凭借多朱元璋的深入了解，获得了朱元璋的敬重。马皇后病逝后，朱元璋站在床边嚎啕大哭，在她死后，朱元璋未再立皇后。
