一向仁慈宽厚的丈夫决定削藩，年轻的马氏看着朱允炆与日俱增的烦恼，却无法为他做些什么，只能更加悉心的照料他。这对年轻的夫妻，终究没能等来成长的机会，叔叔朱棣便以"清君侧"为由起兵了。建文四年，燕王率兵攻破南京，而皇宫中却起了大火。马氏便是在这场大火中自焚而亡。
马皇后自焚，最主要的原因，无非是不想落入敌方手里，到时她会面临怎么样的遭遇不得而知。与其备受折磨的活着，不如英勇痛快的选择另一条路。还有另一种可能，因为建文帝的行踪成谜，在当时兵荒马乱的时候，她一个弱质女流，乔装与逃跑都不方便，不排除马皇后为了替建文帝掩藏踪迹，不拖累他，选择了自焚来结束这一切。
最终，马皇后没有从着火的宫殿之中走出来，不知是大火起的突然没来得及跑出来，还是觉得在逃亡的旅途上会成为丈夫的牵绊，马皇后在历史的踪迹之中只留下了短短的四句话："惠帝皇后马氏，光禄少卿全女也。洪武二十八年册为皇太孙妃。建文元年二月册为皇后。四年六月，城陷，崩于火。"年仅24岁。
