号称明代第二首辅的时任内阁首辅刘健上奏中可以看出，明孝宗后期大不如前。其后一封奏疏中更直接刺中当前朝政要害: (陛下)即位之初，百度一新，之志，渐异于前，每日早朝不过数刻次，而散本或且昏黑，侍卫接本之人事，文书空滞，不得施行，一事之决群寮玩习，视以为常。"远近欢戴，大有为之君也。迩来勤励而起鼓或至日高。宫中奏事止得一筋力疲惫，不得休息。百司庶府之动逾旬月，一令之出，随辄废弛。
此时不仅孝宗有荒怠之势，朝政风气也大不如前。孝宗即位之初，裁撤惩罚了宪宗朝为害深重的僧道、方士。而晚年孝宗崇佛信道，滥封浩命，以至于阁臣刘健等人称"坐视邪妄之徒，妨政坏俗，死有余愧。"节用民力方面，织造工役，"科派频仍，冗食滥赏，费用无度。" "中兴"之势，难以为继。
弘治一朝虽然多用正士，但后期宦官、外戚却为祸不浅。宦官李广，"以符篆祷祀蛊帝，因为奸弊，矫旨授传奉官，如成化间故事，四方争纳贿赂，又擅夺裴内民田，专盐利巨。"张皇后则纵其兄弟作恶多端，请乞无度，败坏盐法。孟森先生评价孝宗，"仁而不断"。相比宦官的巧取豪夺、外戚集团为恶不法，宗室侵蚀更加肆意。如崛府、荆府、晋府等宗室不仅悠意掠夺，凶横残暴，又同室操戈，败坏纲常。孝宗默许纵容，对弹勃之言置之不理。
