如果说明朝的瘟疫是一架马车，那么自然灾害、社会因素和抗疫不力就是拖拽马车的三匹烈马。在明史中，"霜旱疾疫"、"水旱疾疫"、"旱涝蝗疫"、 "饥荒疾疫"等词频频出现，可见，疫灾并发是明朝暴发瘟疫的主要特征。当时，整个中国气温持续低迷，夏季屡现旱涝，冬季奇寒无比，就连福建、广东等地也遭暴雪侵袭。
究其原因，和"明朝小冰河时期"有着密切关系。气象学家竺可桢研究中国气象史后，发现历史上曾有四次"小冰河期"，分别是商末周初、汉末三国、唐末五代和明朝中后期。这一研究结果和南北方方志以及《明史·五行志》、《清史稿·灾异志》等文献记载的气象现象相符。
上图_ 明末鼠疫的惨景，在电影《大明劫》也体现了出来
历史学家邓拓先生认为整个明朝各种灾害多达1011次之多，其中"灾害之最多的是水灾，共一百九十六次；次为旱灾，共一百七十四次；又次为地震，共见一百六十五次；再次为雹灾，共一百十二次；更次为风灾，共九十七次；复次为蝗灾，共九十四次。此外歉饥有九十三次，疫灾有六十四次，霜雪之灾有十六次。"明史学者鞠明库统计："明朝平均每年水灾6.77次，地震5.38次，旱灾3.42次，雹灾1.61次，蝗灾1.17次，风沙灾害0.99次，霜雪灾害0.32次。"
