频繁发生的自然灾害，为病菌的滋生和传播创造了条件，导致"天灾流行，民多病疫"的景象。水灾造成人牲死亡，尸体得不到及时处理，加上各种垃圾堆积无序，使有害病菌污染饮用水源，卫生条件陡然逆转，民众饮水时，无异于病从口入。
上图_ 中国蝗灾分布图 （蝗虫）
农业因旱灾欠收或绝收，民众食不果腹，抵抗力下降，加剧了感染瘟疫的风险。而干旱往往伴随着蝗灾的发生，蝗虫数量庞大，食量惊人，干旱给蝗虫的繁殖、生长和存活创造了有利条件。蝗虫啃食百姓赖以生存的粮食，进而灾区出现"大饥，继以疫，人相食"的现象。
旱、涝、蝗等灾害从根本上破坏了农业生产，紧随其后的瘟疫动摇了灾民的生存根本，而灾民逃离灾区无形中扩大了疫区的范围。正统十三年（公元1448年）6月，"淮安府海州等十一州县连岁水涝蝗旱相仍，加以大疫，死亡者众，人民饥窘特甚。"此外，地震和气候异常等灾害不仅直接夺去民众性命，还埋下了次生隐患，对瘟疫的快速传播起到了推波助澜的作用。
