李世民早就久仰秦叔宝的大名了，对于他的投靠自然是求之不得的。而秦叔宝对李世民也极为忠心，只要是李世民吩咐的事情，他都会尽力而为。而且秦叔宝武功极高，能够在千军万马中直取敌军首领的首级，这就为李世民打胜仗赢得了很多先机。就连尉迟恭也不是他的对手，所以，李世民极为重视秦叔宝，不仅对他委以重任，也对他关爱有加。
但是后来，李世民登上了皇位，一切尘埃落定以后，秦叔宝却渐渐被忽视了，虽然他依然被列入了凌烟阁二十四功臣的行列中，却被排在了最后一位。而这主要有几个原因。第一，秦叔宝在李世民发起的"玄武门之变"中的表现不尽人意，这主要和秦叔宝的性格有关，他虽然对国家忠诚，对李世民忠诚，却不喜欢参加这种个人的争斗，所以在当时的兵变中，他虽然也参加了，却并没有尽全力，而只是走走形式，表达一下自己的忠心而已。
反观尉迟恭却在此兵变中射死李元吉，救了李世民一命，立下很大的功劳，两人对比之下，李世民心中自然便有了计较。第二，李世民在登基为帝以后，国家稳固下来了，对武将便不再像之前那样重视了，反而看中能够帮助治理国家的文臣。第三，秦叔宝在多年的征战中，几次深受重伤，身体落下了病根，在玄武门之变以后，他便开始经常生病。
也因为生病的缘故，秦叔宝渐渐便不再参加任何战争，也很少出现在朝堂之上，李世民便也逐渐忘记了他。后来，秦叔宝还是抵不住疾病的摧残，早早地便去世了，而当时李世民还没有封功臣。后来在册封二十四功臣的时候，李世民虽然记起了秦叔宝，但由于他已经去世了五年，便把他排在了最后。
