随着势力的不断扩张，军队人数逐步增长，为了适应新的管理需要，公元1615年，四旗制度被改成八旗制度，将黄、白、蓝旗镶以红边，将红旗镶以白边。至此，正四旗与镶四旗正式确立，八旗制度成形。
八旗之中的正黄旗和镶黄旗由努尔哈赤本人亲自统领，其余则交由自己的各个儿子。清朝建立之后，各旗旗主经历了一个漫长的演变过程，才最终演变成了我们今天所熟知的皇帝统领上三旗，贵族统领下五旗的说法。
同时，皇太极还把投降归附的蒙古军队、汉人军队收编为"八旗蒙古"和"八旗汉军"，与满洲的八旗军队一起构成了清王朝的八旗整体。一般来说，上三旗和下五旗在待遇上是没有太多区别的，但是因为上三旗是直接对皇帝负责，所以在晋升渠道上，上三旗的人会有更大的优势。而一般的贵族，在取得很高的权势之后，也是有可能从下五旗进入到上三旗队伍的，俗称"抬旗"。
八旗制度的主要特点是以旗御人，以旗统兵，在建立初期，八旗单位兼有行政、军事和生产多重功能，对于当时还十分弱小的女真部落来说，是具有积极意义的，但是在清军入关之后，随着人口规模迅速扩大，八旗制度前期多重功能所体现出来的积极意义也在日渐减少。
