由于史书失载，又缺乏必要的工程档案资料，加之在民间还有朱元璋葬于南京朝天宫或北京万岁山以及下葬时13个城门出殡等历史记载和传说，所以，几百年来，明孝陵的地下玄宫一直成为人们心目中的一个谜。
考古专家表示，由于科技手段和法律的规定，明孝陵暂时不能发掘，这是非常遗憾的事情。但这并没有难倒考古工作者，他们还是寻找到了一种新的途径，将明孝陵的地宫状况和结构基本探察清楚了。
在明朝，皇帝生前居住的地方叫皇宫，死后长眠之地叫陵宫，也称为神宫。按照明朝丧葬制度，皇帝死后要在陵墓中设置神宫监，负责管理皇帝的陵墓。通常神宫监的位置都在神宫旁边，也就是紧挨地下的陵墓地宫。所以考古队要寻找朱元璋地宫的位置，找到神宫监的具体方位是非常重要的。在连续几年对明孝陵的钻探研究中，考古队发现了一处神宫监的遗址。
1999年，考古队在明孝陵金水桥东侧进行钻探时，发现了一口砖头砌成的水井，在水井四周发现了砖结构和石构件遗址，有大型柱础暴露于地表。通过跟已经确定的孝陵别处的砖、石进行对比和比较，研究人员确定该处遗迹与孝陵属于同时期的建筑。由于该处遗迹是当时发现的靠近神宫的惟一建筑，所以文物工作者猜测该建筑很有可能就是神宫监的所在。
既然确定了神宫监的位置，那么说明地下玄宫应该也在附近。于是考古队立刻找来地震工程研究院的工作人员，采用无破坏性的精密磁测技术，并配合地面调查研究，终于揭开了一个隐藏达600余年的谜团-一-查明了明孝陵地下玄宫的位置，确认朱元璋就葬在独龙阜下数十米处，而且这座地下宫殿保存完好，排除了过去流传的地宫被盗之说。
