次年邓禹的部队大破河东守军,接着去攻取安邑,但久攻不下,后来更始这一方派樊参反击邓禹,被邓禹打败,樊参被杀。
与此同时,刘秀即位,邓禹官升大司徒,邓禹加官进爵的时候只有24岁,可以说已经走向人生巅峰。河东被平定之后,邓禹又力克更始大军于衙县。但长安被赤眉军攻破,长安一时之间陷入水深火热,长安百姓听说邓禹的部队所向披靡,于是无论老幼妇孺全都希望投奔于他。
刘秀对此非常看重,还多次表扬邓禹。至此邓禹手下的人有百万之多,但是可以用来打仗的却没有几个,再加上军需物资非常匮乏,这些都成了邓禹对攻取长安犹豫不决的原因。但是邓禹有他的道理,他认为赤眉军当时在多方面占据优势,此时攻打不是最优时机,应当等待。
26年,赤眉军抢长安抢的差不多了,开始撤退,邓禹才开始出击。可是占领没有多久,赤眉军再次临门长安,邓禹面临危机,因为当时长安已经是一座"空城",依旧没有充足的军备打败赤眉军,遂被打败。这样征讨对国家,对百姓无任何益处,于是刘秀让邓禹撤军,但邓禹却不同意。