在朱元璋派兵征讨云南战争中，蓝玉表现尤为突出，俸禄增加到三千石，并且将蓝玉的女儿嫁给明太祖朱元璋第11个儿子朱椿，被封为蜀王妃。
洪武二十年，朱元璋发兵北征元太尉纳哈出，冯胜担任大将军，蓝玉担任左副将军，蓝玉看出纳哈出的诈降计谋，设计生擒劝降纳哈出。由于冯胜在北征期间获罪，所以朱元璋任命蓝玉为大将军。
北上破元成就巅峰
洪武二十一年，朱元璋决定对元朝残余势力进行彻底清除打击，蓝玉被任命为统帅带兵15万北上寻找元朝皇帝所在位置。因为在之前，在徐达打击下，元朝皇帝已经被迫退回至草原，甚至连固定的都城都没有。
