未攻破天京前，慈禧太后就对尾大不掉的湘军产生了猜忌。她提拔了湘军中的沈葆桢、左宗棠等人，来分裂曾国藩的权力；训斥曾国荃（曾国藩之弟）冒功邀宠。
曾国藩忍痛将弟弟开除，并亲自下令裁撤湘军。之后，他调任直隶总督兼洋务大臣，继续受到重用。
因为即使慈禧忌惮汉人，却也不得依靠人数庞大的汉族军队。太平军平息不久，捻军又兴。朝廷缺兵之际，湘军模式被再度启用。
曾国藩在裁湘时，也留了一手：扶持学生李鸿章（此处可a至1894年8月26日的天津）训练淮军。
从剿"捻"到甲午战争（此处可a至1894年10月2日的大连），湘军的嫡系如左宗棠、胡林翼、彭玉麟逐渐成为清廷的中流砥柱，与曾国藩并称四大名臣。汉人在朝堂中的地位大大上升，清廷格局为之一变。
