就在这时，孙坚对父亲说：''此贼可击，请讨之''，当时孙坚年轻气盛，因此父亲劝阻他，认为这不是他该管的事情。或许是出于英雄天生的责任感，孙坚没有理会父亲的劝告，而是提着刀来到岸上，装作左右指挥的样子，胡玉等人以为官兵将至，纷纷作鸟兽散，而追上前去的孙坚还斩杀了一人。
此事过后，当地州郡知晓了孙坚的壮举，于是专门让他担任代理校尉，不久改封郡司马。没过多久，会稽人许昌自立为帝，与儿子许韶一起发动了叛乱，其部众很快达到数万。孙坚听闻此事，率领千余勇士便前去征讨，在州郡的协助下，他成功破敌，再度立下军功，刺史上报其功，于是朝廷先后让他前往盐渎、盱眙、下邳三地担任县丞、郡丞。
东汉末年，黄巾起义在全国范围内爆发，孙坚被慧眼识珠的中郎将硃俊举荐为佐军司马，从此开始了剿匪生涯。孙坚集合了千余士兵后，便跟随朝廷军四处平叛，靠着勇猛连战连胜。在攻打宛城黄巾贼时，孙坚更是单枪匹马冲锋在前，史载：''坚身当一面，登城先入，众乃蚁附，遂大破之。''
