不过魏忠贤的行为也引起了一部分人的不满，著名的"东林党"便是主要人员。他们是那个年代势力庞大的政治集团，主要人员都是一些江南地区的士大夫。这些人长期养尊处优，根本不管边疆的战事如何，再加上读书人特有的优越感，他们认为那些百姓苦一点和自己没有关系。
但是魏忠贤对江南地区的富商们加大收税力度却伤害了东林党，因为其中许多人都在江南有自己的产业，此举自然损害了他们的利益。为此东林党将魏忠贤视为眼中钉，一直想要除掉。等到崇祯皇帝登台后，东林党看到了机会，他们利用手中的权利一举铲除了以魏忠贤为首的阉党，将权力重心牢牢掌控在自己手中。
这些人掌权之后直接改变了国家的策略，首先他们把魏忠贤恢复的海关税等税赋全部废除，并且对北方增加了三项额外的赋税。相反南方的赋税进一步减轻，明朝时期江南地区经济状况远比北方好，此举无疑引起了很多百姓的不满，一时间怨声载道。除此之外，东林党还主动接触后金领导人，希望两者之间能够和平共处，同时降低了辽东地区的军费。
