一般来说，巡抚辖一省，官阶从二品，例加兵部侍郎衔，以节制绿营，即为正二品。总督则辖一至三省，官阶正二品，例加兵部尚书衔，同样是为节制绿营，即为从一品。
也就是说，按照清朝的设置，巡抚本来是一省之长，但巡抚的头上一般来说都有一个总督，他管着一至三省，而从官阶上看，巡抚又明显比总督低一级。
但问题是，巡抚又并非总督的属官，双方的关系是指导和配合的关系，而不是管理与被管理的关系。总督遇事，要求下面的巡抚配合，得有商有量，不能命令，一旦把巡抚惹急了，巡抚可是要咬人的；而巡抚虽是一省之长，但做事不能肆意妄为，毕竟上面还有一个总督坐镇。这样一来，总督与巡抚之间，就成了盘根交错，彼此牵制的关系，地方权力就这样被制衡和稀释掉了，皇帝也可以随时利用督抚之间的矛盾分歧，实现对地方的控制。
此外，对于关键区域，清朝还推行督抚同城的措施，企图通过督抚互参，实现对地方权力的分化瓦解。
