建文四年（公元1403年），朱棣攻克应天，靖难大获全胜，大明帝国面临着朝代的更替，帝王的替换。朱棣进入皇宫，但却看不到建文帝的影子，《明史》记载："皇宫中大火突然升起，建文皇帝不知道去哪儿了"朱棣有些慌了，毕竟他的即位不是当朝正统，建文帝是明太祖朱元璋亲自钦定的皇位继承人，是所有朱元璋的儿子都首肯过的继承人，毕竟当时的朱棣也是形式上表示了认可，如今如果建文帝没有死在皇宫里，那么必然会对朱棣的朝廷构成巨大的威胁。
朱棣有些害怕，他慌忙的令人在史书上记下："建文帝已死。"这五个大字，让自己能够获得一点点的心安。可是终究不过是自欺欺人，如果说永乐前期的朱棣还觉得建文帝不是很大的威胁，兵来将挡水来土掩，但是晚年的朱棣却不得不开始正视消失不见的建文帝。朱棣虽然和建文帝是叔侄关系，但是在儒家的思想当中，朱棣和建文帝之间还是君臣关系远大于叔侄关系的，"君君、臣臣"，这是《论语》里头就有的儒家的观念。
其次，当时建文帝实在没有什么暴政，他在处理国家大事、和睦君臣关系这些事情上，做的真的已经可以了，可是朱棣非要鸡蛋里头挑骨头，完了还拿建文帝对他的宽恕当做是软弱，若非建文帝几次三番的让手下将士放过他，他怎么能靖难成功？建文帝并没有做什么太大的错事，可能错就错在他要削藩王的领地？但是这是有先例的呀，汉朝时候的汉武帝、汉景帝都有过削藩的事情，所以朱棣起兵的时候，只敢说自己"清君侧"，而不敢说建文帝是夏桀、商纣这样的暴君、桓灵二帝一样的昏君，然后废除建文帝的皇帝名号。
