不过琉球王尚泰并没有听出日本人的话外之音，他以为日本新政府放弃了对琉球的非分企图，因此非常兴庆。可就在日本使者离开后不久，日本政府则催促尚泰前往东京觐见明治天皇。而在尚泰觐见明治天皇之时，明治天皇突然宣布了对尚泰的册封诏书，封尚泰为琉球藩王。尚泰对于日本的行为非常震惊，但又摄于日本国威不敢发作，最后只得接受了册封。
1873年，琉球朝贡船只在前往中国的途中被风浪吹至台湾，船上69人当中3人溺死，54人被台湾原住民杀害，仅12人获清军营救送往福建，史称"牡丹社事件"。
此事件原本是清国和琉球之间的意外事件，但日本却瞅准时机，借口琉球是日本藩属，悍然出兵台湾，最后迫使清帝国与日本签订《中日北京专约》，清廷向日本赔款55万两白银，并认同日本出兵台湾乃"保民之举"，这直接等同于承认日本对琉球的主权。而日本则利用此事件强迫琉球断绝了与清朝的朝贡关系，并出兵占领琉球。
面对日本的步步紧逼，尚泰只有向清廷求救，但清政府并没能给予尚泰任何实际地支援。1879年，日本政府正式宣布在琉球"废藩置县"，在琉球设立冲绳县，琉球王国灭亡。
