整件事情最后演变成了一系列的官、商与海盗勾结。福建地区那些因为禁海失去生活来源的人，与来自日本的浪人等结勾结，既搞走私也进行抢劫，这些国人和倭寇一起组成团体，事实上这一时期的"倭寇"大部分是沿海地区的居民，他们更像是利用真正的倭寇进行作战和掩护。
为了自我保护，这些"倭寇"团体与官员建立了利益往来，以至于大明军队的许多清剿行动都被提前泄密。这种局面只会让更多为了生存的当地居民也加入到海盗的团队之中。这一时期所谓的倭寇已经不再是单纯的海盗行为，他们已经不仅在海上行动，而且在陆地上建立了基地，这就是为什么戚继光等抗倭将领主要进行陆战，而非用海军御敌，况且此时的大明海军已经衰落了。
抗倭明军?
倭寇祸乱的根源
